Tarmfloran är samlingsnamnet på alla de bakterier och andra mikroorganismer som naturligt förekommer i tarmarna. Dessa bakterier och mikroorganismer lever i regel i mutualism med värden (människa och djur). Det betyder att dessa bakterier och mikroorganismer lever tillsammans med den levande kroppen då de båda drar nytta av varandra. Antalet bakterier i den mänskliga kroppen kan vara så högt som ett kilo av totalt 1,5 kilo som finns i hela kroppen. Uppgiften för dessa mikrober är att andra bakterier som tar sig in kroppen från att ställa till problem. Förutom i tarmarna finns dessa i urinvägarna, könsorganen, och luftkanalerna eftersom att de är i indirekt kontakt med världen utanför där mycket farligheter befinner sig.
De försvarar kroppen genom att trigga igång hemoglobiner och de metaboliska funktionerna och tar upp kampen med de skadliga bakterierna genom att tävla om kroppens alla receptorer och näringsämnen. Antibiotika kan störa denna process då antibiotikans bakterier är resistenta mot kroppens bakterier som därmed inte kan hantera antibiotikan i vissa fall, detta kan leda till diarré. I födelsestadiet utvecklas aerober först då de bakterier som först tar sig till fostrets tarmsystem upplever en miljö rik på syre och näring. När syret succesivt minskas börjar även anaerober att utvecklas i tarmarna. Med tiden skapas bakterier som är exklusivt anaeroba och utgör i slutändan 99 % av bakterierna i tarmarna.
Endast i tarmen finns det minst 1000 olika bakteriesorter och till antalet är 10 gånger så många som allaceller i hela kroppen, antalet celler i kroppen brukar uppskattas till hundratusen miljarder som uppenbarligen är en enorm siffra men ändå får du lägga på en nolla för att komma upp i antalet bakterier som finns i tarmfloran. Antalet fluktuerar också beroende av kroppens behov samt vilka bakterier som introduceras i kroppen när vi stoppar i oss saker eller ofrivilligt får in dem på något annat sätt.